Весной 1943 года Сталину было предложено несколько проектов реорганизации НКВД СССР.

Верховный Главнокомандующий принял решение объединить руководство обороной государства и обеспечением безопасности в армии и на флоте.

19 апреля 1943 года Сталин подписал постановление Совета народных комиссаров СССР, согласно которому Управление особых отделов изымалось из ведения НКВД, на его базе образовывались Главное управление контрразведки «Смерш» («Смерть шпионам») Народного комиссариата обороны и Управление контрразведки «Смерш» Народного комиссариата Военно-морского флота.

Для контрразведывательного обеспечения пограничных и внутренних войск, милиции и других вооруженных формирований Народного комиссариата внутренних дел создавался Отдел контрразведки «Смерш» НКВД.